จากหลักฐานทางประวัติศาสตร์ เมืองสมุทรสาครกำเนิดจากหมู่บ้านเล็ก ๆ ตั้งอยู่บริเวณ ปากแม่น้ำที่สมบูรณ์ที่สุด ในสมัยกรุงศรีอยุธยา มีเรือสำเภาจากประเทศจีน และมาลายูเข้ามาเทียบท่าทำการค้าขายแลกเปลี่ยนสินค้า กลายเป็นชุมชนขนาดใหญ่ จึงเรียกชุมชนแห่งนี้ว่า บ้านท่าจีน และใช้เรียกชื่อแม่น้ำท่าจีนมาจนถึงปัจจุบัน
ประมาณปีพุทธศักราช 2099 สมัยกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ประกาศให้บ้านท่าจีนเป็นเมืองสาครบุรี เพื่อเป็นหน้าด่านในการป้องกันศัตรูทางทะเล
ปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ 8 หรือพระเจ้าเสือ ได้เสด็จประพาส เมืองสาครบุรี โดยทางเรือ เสด็จผ่านคลองโคกขาม ซึ่งเป็นลำคลองที่คดเคี้ยว เรือพระที่นั่งชนกับกิ่งไม้จนหัวเรือหัก ด้วยความซื่อสัตย์ในหน้าที่ ความจงรักภักดีต่อองค์พระมหากษัตริย์ และรักษาไว้ ซึ่งกฎมณเฑียรบาล พันท้ายนรสิงห์ นายท้ายเรือพระที่นั่ง ขอรับโทษประหารชีวิต หลังจากโศกนาฏกรรม 1 ปี พระเจ้าเสือทรงให้ขุดคลองลัดจากธนบุรี ไปออกปากแม่น้ำเมืองสาครบุรี เรียกชื่อว่า “คลองสนามไชย” ต่อมาเปลี่ยนเป็น “คลองมหาชัย” และเกิดชุมชนขนาดใหญ่บริเวณปากคลอง เรียกขานกันว่า เมืองมหาชัยหรือตลาดมหาชัยในปัจจุบัน
สมัยรัชกาลที่ 4 โปรดเกล้าให้สร้างป้อมเมืองสาครบุรี พระราชทานชื่อว่า ป้อมวิเชียรโชฎก และให้เปลี่ยนชื่อเมืองสาครบุรีเป็นเมืองสมุทรสาคร
วันที่ 18 มีนาคม พุทธศักราช 2448 รัชกาลที่ 5 เสด็จพระราชดำเนินเมืองสมุทรสาคร ทรงมีพระบรมราชโองการ จัดตั้งสุขาภิบาลท่าฉลอมเป็นแห่งแรกของประเทศไทย สมัยรัชกาลที่ 6 โปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนชื่อเมืองต่าง ๆ เป็นจังหวัดทั่วประเทศ วันที่ 9 ธันวาคม 2459 โปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนการสุขาภิบาลตำบลท่าฉลอมเป็นสุขาภิบาลเมืองท่าฉลอม
